正确答案 ：C

解析

本题考查常识。理藩院是清朝时设立的，掌管少数民族事务;故本题答案为C。 A项：总税务司主要负责管理税务; B项：澎湖巡检司是元朝时所设，管辖当时的澎湖和琉球; D项：军机处是清代官署名，是清朝中后期的中枢权力机关。